Drupal7では
コンテンツタイプのstoryがarticleになってたり、
タクソノミにデフォルトでtagなどが入っていますが、
drupal7にアップグレードするときには、このdrupal6には設定していないものが重複してできてしまうのでしょうか。

drupal6でこの辺を最初から合わせて運用したほうがいいのでしょうか。
（そうするとスムースに重複せずにできるのかな？）